Das neue Coronavirus SARS-CoV-2 hält weiterhin die Welt in Atem. Es ist bisher noch kein Gegenmittel bekannt, auch wenn die Suche danach auf Hochtouren läuft. Bei Abertausenden verfügbarer Wirkstoffe wird es aber eine Weile dauern, bis effektive Gegenmaßnahmen gefunden wurden. Um die Suche schneller zu gestalten, wurden nun hochpotente Supercomputer ins Boot geholt.


Auf der Suche nach einem Gegenmittel

Mit Hilfe der Supercomputer können Forscher simulieren, wie sich SARS-CoV-2 unter dem Einfluss diverser Wirkstoffe verhält. Das Ziel ist, ein Mittel zu finden, mit dem der Eindringling im Körper unschädlich gemacht werden kann. Für die Simulationen stehen zwei der weltweit schnellsten Supercomputer zur Verfügung: Summit und Sierra, beide mit IBMs Power9-Prozessoren und Nvidias TeslaV100 Beschleunigerkarten ausgestattet. Die Rechner erreichen eine kombinierte Spitzenleistung von insgesamt etwa 325 Petaflops erreicht, was 325 Billiarden Gleitkommaoperationen in der Sekunde entspricht.


Der Summit-Rechner steht im Oak Ridge National Laboratory und verfügt über 9216 Prozessoren mit je 22 Kernen sowie 27.000 Beschleunigerkarten. Der Sierra-Computer wiederum steht im Lawrence Livermore National Laboratory und dient eigentlich dazu, das US-Militär bei der Atomwaffenforschung zu unterstützen. In ihm sind insgesamt 8640 Prozessoren und 17.280 Beschleunigerkarten verbaut.

Rechenleistung aus aller Welt

Ein Team rund um den Forscher Micholas Smith hat mit Hilfe des Summit-Computers zwei Tage lang die Wirkung von insgesamt 8000 Wirkstoffen auf das neue Coronavirus getestet. Dafür verwendeten sie die Sequenzierung des Virus durch chinesische Forscher. Dabei lieferten 77 von 8000 Wirkstoffen ein vielversprechender Wirkmechanismus aufgedeckt werden. Die Forscher wollen diese Wirkstoffe nun mit einem verbesserten Modell des Virus erneut testen.

Sierra wiederum wird verwendet, um Forscher beim nächsten Schritt zu verwenden, nämlich der Entwicklung von Antikörpern gegen das neue Virus.

Außerdem machen Forscher sich das dezentralisierte Rechenprojekt folding@home zunutze. Bei diesem Programm kann jeder Besitzer eines PCs mitmachen. Außerdem hat die Gruppierung Group 42 aus den Vereinigten Arabischen Emiraten den Supercomputer Artemis mit etwa 10 Petaflops bereitgestellt.

via ChemRxiv

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